Doktorand (m/w/d) / Postdoktorand (m/w/d) im Bereich Bioinformatik, Mikrobielle Genomik und Infektionsforschung im RED-MED-Projekt

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Doktorand (m/w/d) / Postdoktorand (m/w/d) im Bereich Bioinformatik, Mikrobielle Genomik und Infektionsforschung im RED-MED-Projekt – Institut für Medizinische Mikrobiologie und Krankenhaushygiene

Die Universitätsmedizin Magdeburg

Die Medizinische Fakultät ist integraler Bestandteil der Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg und wirkt mit dem Universitätsklinikum Magdeburg A. ö. R. in Forschung, Lehre und Krankenversorgung zusammen.

Drittmittel durch das RED-MED-Projekt im Rahmen des STEP-Programms Sachsen-Anhalt gefördert

Der erfolgreiche Kandidat (m/w/d) wird an der Entwicklung und Anwendung bioinformatischer und computergestützter Methoden zur Analyse klinischer und mikrobieller Sequenzierungsdaten mitarbeiten. Der Forschungsschwerpunkt liegt auf mikrobieller Genomik, Pathogendetektion und mikrobiellen zellfreien DNA-(mcfDNA-)basierten Ansätzen zur Weiterentwicklung der Infektionsforschung und Diagnostik.

DAS SIND IHRE AUFGABEN:

• Analyse von Kurz- und Langsequenzierungsdaten (Illumina und Oxford Nanopore)
• Entwicklung und Optimierung reproduzierbarer bioinformatischer Workflows und computergestützter Methoden
• Mikrobielle Genomanalysen einschließlich vergleichender Genomik, Phylogenetik, Pathogenevolution und mcfDNA-basierter Pathogendetektion
• Benchmarking und Optimierung bioinformatischer Werkzeuge und computergestützter Methoden
• Integration genomischer, mikrobiologischer und klinischer Daten
• Zusammenarbeit in einem interdisziplinären Team sowie Veröffentlichung wissenschaftlicher Ergebnisse in Fachzeitschriften und Präsentation auf wissenschaftlichen Konferenzen

DAS BRINGEN SIE MIT:

• Promotion (für Postdoktorand (m/w/d)) bzw. einschlägiger Masterabschluss (für Doktorand (m/w/d)) in Bioinformatik, Computational Biology, Data Science, Mikrobiologie oder einem verwandten Fachgebiet.
• Erfahrung in der Analyse von Next-Generation-Sequenzierungsdaten und im Umgang mit bioinformatischen Workflows.
• Programmier- oder Skriptkenntnisse (z. B. Python, R, Bash, Perl oder vergleichbare Sprachen) sowie Erfahrung mit Linux-basierten Arbeitsumgebungen.
• Erfahrung in der Analyse von Illumina- und / oder Oxford-Nanopore-Sequenzierungsdaten.
• Kenntnisse in mikrobieller Genomik oder verwandten Bereichen; Erfahrungen mit HPC-Umgebungen, Workflow-Entwicklung, Phylogenetik, Metagenomik, Analysen antimikrobieller Resistenzen, Bakteriophagengenomik oder mcfDNA-Analysen sind von Vorteil.
• Ausgeprägte analytische Fähigkeiten, selbstständige und teamorientierte Arbeitsweise sowie sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift.

Das bieten wir:

• Wir bieten Ihnen einenspannenden Arbeitsplatz in einem Klinikum der Maximalversorgung, Forschung und Lehre
• Interne und externe Fort- und Weiterbildungsangebote
• Schonen Sie die Umwelt und nutzen Sie Bus und Bahn vergünstigt mit einemJobticket
• Außerdem verfügen wir über ein vielfältiges Sport- und Entspannungsangebot im Rahmen des betrieblichen Gesundheitsmanagements
• Onboarding: Freuen Sie sich zu Beginn Ihrer Tätigkeit auf unsere Einführungsveranstaltung, in der Sie viele wichtige Informationen und Schulungen bekommen

Vergütung: Auf Sie wartet eine leistungsgerechte Vergütung je nach Aufgabenübertragung und Erfüllung der persönlichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe E 13 nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder.

Besetzung: Ab dem 01.10.2026, in Vollzeit oder Teilzeit (Postdoktorand: 100 % / Doktorand: 65 %) und befristet bis zum 30.09.2029

Mehr gute Gründe für uns als Arbeitgeber finden Sie unter > Unsere Vorteile für Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

Weitere Informationen zum Institut für Medizinische Mikrobiologie und Krankenhaushygiene finden Sie > hier.

Für weitere Fragen steht Ihnen der Direktor des Instituts, Herr Prof. Dr. Achim Kaasch, unter der Nummer 0391-67-13392 zur Verfügung.

KONTAKT: Wir freuen uns bis zum 21.08.2026 (Bewerbungsschluss) auf Ihre Bewerbung. Bevorzugt bitte online über unser Karriereportal oder per E-Mail und in einer zusammenhängenden PDF-Datei an:
[email protected] (Betreff: 536-2026)
Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg
Medizinische Fakultät
Geschäftsbereich Personal – Recruiting
Leipziger Str. 44, 39120 Magdeburg

Bei einem internationalen Berufs- oder Studienabschluss ist der Bewerbung eine Zeugnisbewertung der Zentralstelle für ausländisches Bildungswesen (KMK) beizufügen. Sollten Sie noch keine Zeugnisbewertung haben, so müssten Sie diese bei erfolgreicher Bewerbung beantragen.

Bewerbungen von schwerbehinderten Menschen werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Qualifikation bevorzugt berücksichtigt. Die Otto-von-Guericke-Universität strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen im wissenschaftlichen Bereich an und bittet daher Wissenschaftlerinnen nachdrücklich um ihre Bewerbung.